科室下设的消化内镜中心，配备食管镜、普通胃镜、无痛胃镜、结肠镜、胆道镜等多种类型消化道内镜诊疗设备，临床医师利用该设备获取消化道及消化器官的超声或X线影像，用于消化系统疾病的诊断和治疗。

消化内镜包含上消化道内镜检查和下消化道内镜检查，其对消化道早期肿瘤及胆管、胰腺疾病的诊断具有重要作用，可直接观察消化道管壁结构改变。上消化道内镜检查可直接观察食管、胃、十二指肠炎症、溃疡或肿瘤等性质，大小、部位及范围，并可行组织学或细胞学病理检查;下消化道内镜检查主要用于诊断溃疡性结肠炎、重量、出血、息肉等，可行切除息肉、钳取异物等治疗。